El colegio organiza transporte escolar desde Barruelo, Cervera de Pisuerga y Herrera- Alar.
Este servicio se engloba desde la iniciativa histórica del colegio de atender a los alumnos y sus familias de las zonas cercanas a Aguilar y que desean el tipo de educación menesiana.
Este servicio está atendido por las empresas de transporte escolar, Donato y Duque en Barruelo de Santullán y Cervera de Pisuerga respectivamente.